التكنولوجيا

ربما يكون ازدهار التسلسل في أمريكا يلقي بالمال على المشكلة الخاطئة


بدلاً من محاولة العمل من خلال هذه القضايا على المستوى الوطني ، تسمح عقود التسلسل لوكالات الصحة العامة الفردية بطلب أسماء ومعلومات الاتصال للأشخاص الذين ثبتت إصابتهم بمتغيرات مثيرة للقلق. لكن هذا يدفع بنفس مشاكل ملكية البيانات إلى أسفل السلسلة.

يقول براين كروجر من لابكورب: “بعض الولايات جيدة جدًا وتريد معرفة الكثير عن المتغيرات التي يتم تداولها في ولايتها”. “الدول الأخرى ليست كذلك.”

غالبًا ما يكون لعلماء الأوبئة بالصحة العامة خبرة قليلة في المعلوماتية الحيوية ، باستخدام البرامج لتحليل مجموعات البيانات الكبيرة مثل التسلسلات الجينية. فقط عدد قليل من الوكالات لديها برامج تسلسل موجودة مسبقًا ؛ حتى لو فعلوا ذلك ، فإن امتلاك كل ولاية قضائية لتحليل شريحة صغيرة فقط من مجموعة البيانات يقلل من مقدار المعرفة التي يمكن اكتسابها حول سلوك العالم الحقيقي.

ومع ذلك ، فإن التغلب على هذه المشكلات – مما يسهل ربط التسلسلات والبيانات الوصفية السريرية على نطاق واسع – يتطلب أكثر من مجرد إصلاح جذري وفرعي للوائح الخصوصية. ستحتاج إلى إعادة تنظيم كامل أنظمة الرعاية الصحية والصحة العامة في الولايات المتحدة ، حيث تعمل كل وكالة من وكالات الصحة العامة البالغ عددها 64 كإقطاعيات ، ولا يوجد مركزية للمعلومات أو السلطة.

يقول جوناثان كويك ، العضو المنتدب للاستجابة الوبائية والتأهب والوقاية في مؤسسة روكفلر: “البيانات الوصفية هي أكبر نوع منفرد غير متصدع”. (مؤسسة روكفلر يساعد في تمويل التغطية في MIT Technology Review ، على الرغم من عدم وجود إشراف تحريري عليها.) نظرًا لأنه من الصعب جدًا على الصحة العامة تجميع مجموعات بيانات كبيرة بما يكفي لفهم السلوك المتغير في العالم الحقيقي حقًا ، يجب أن يأتي فهمنا من مصنعي اللقاحات والمستشفيات التي تضيف التسلسل إلى يقول التجارب السريرية الخاصة.

إنه أمر محبط بالنسبة له وجود الكثير من مجموعات البيانات الضخمة من المعلومات المفيدة بالفعل في السجلات الطبية الإلكترونية ، وسجلات التحصين ، ومصادر أخرى ، ولكن لا يمكن استخدامها بسهولة.

يقول كويك: “هناك الكثير من الأشياء التي يمكن تعلمها ، وتعلمها بشكل أسرع ، دون القيود التي نضعها على استخدام تلك البيانات”. “لا يمكننا الاعتماد فقط على شركات اللقاحات لإجراء المراقبة.”

تعزيز المعلوماتية الحيوية على مستوى الدولة

إذا كان من المتوقع أن تركز معامل الصحة العامة بشكل أكبر على تتبع المتغيرات وفهمها بمفردها ، فستحتاج إلى كل المساعدة التي يمكن أن تحصل عليها. إن القيام بشيء ما بشأن المتغيرات كل حالة على حدة ، في النهاية ، هو وظيفة صحة عامة ، في حين أن القيام بشيء بشأن المتغيرات على مستوى السياسة هو عمل سياسي.

تستخدم مختبرات الصحة العامة عمومًا علم الجينوم لكشف المعلومات المخفية بطريقة أخرى حول تفشي المرض ، أو كجزء من جهود التتبع والتعقب. في الماضي ، تم استخدام التسلسل لربط فاشيات الإشريكية القولونية بمزارع معينة ، وتحديد سلاسل انتقال فيروس نقص المناعة البشرية ومقاطعةها ، وعزل حالات الإيبولا في الولايات المتحدة ، واتباع أنماط الإنفلونزا السنوية.

حتى أولئك الذين لديهم برامج راسخة يميلون إلى استخدام علم الجينوم باعتدال. انخفضت تكلفة التسلسل بشكل حاد خلال العقد الماضي، لكن العملية لا تزال غير رخيصة ، خاصة بالنسبة للإدارات الصحية الحكومية والمحلية التي تعاني من ضائقة مالية. تكلف الآلات نفسها مئات الآلاف من الدولارات للشراء ، وأكثر من ذلك لتشغيلها: تقول شركة Illumina ، وهي واحدة من أكبر صانعي معدات التسلسل ، إن المعامل تنفق في المتوسط 1.2 مليون دولار سنويًا على الإمدادات لكل من أجهزتها.

“سنفتقد الكثير من الفرص إذا أعطينا فقط الأموال لإدارات الصحة لإعداد البرامج دون وجود استراتيجية فيدرالية حتى يعرف الجميع ما يفعلونه”

لا تحتاج الوكالات الصحية إلى المال فقط ؛ يحتاجون أيضًا إلى الخبرة. تتطلب المراقبة خبراء بيولوجيين مدربين تدريباً عالياً لتحويل السلاسل الطويلة من الرسائل في التسلسل إلى معلومات مفيدة ، بالإضافة إلى قيام الأشخاص بشرح النتائج للمسؤولين وإقناعهم بتحويل أي دروس مستفادة إلى سياسة.

لحسن الحظ ، كان OAMD يعمل على دعم الإدارات الصحية بالولاية والمحلية أثناء محاولتهم فهم بيانات التسلسل الخاصة بهم ، وتوظيف خبراء المعلومات البيولوجية الإقليميين للتشاور مع مسؤولي الصحة العامة وتسهيل جهود الوكالات لتبادل خبراتهم.

كما أنها تضخ مئات الملايين في بناء ودعم برامج التسلسل الخاصة بتلك الوكالات – ليس فقط للفيروس ، ولكن لجميع مسببات الأمراض.

لكن العديد من هذه الوكالات تواجه ضغوطًا لتسلسل أكبر عدد ممكن من جينومات الفيروس. بدون استراتيجية متماسكة لجمع البيانات وتحليلها ، من غير الواضح مدى فائدة هذه البرامج.

يقول وارمبرود: “سنفتقد الكثير من الفرص إذا منحنا فقط الأموال لإدارات الصحة لإعداد البرامج دون وجود استراتيجية فيدرالية حتى يعرف الجميع ما يفعلونه”.

رؤى أولية مغتصبة

مارك باندوري هو مدير مختبر الصحة العامة بولاية نيفادا ، أحد البرامج التي يدعمها OAMD. لقد كان مؤيدًا قويًا للمراقبة الجينية لسنوات. قبل الانتقال إلى رينو ، كان يدير مختبر الصحة العامة في مقاطعة ألاميدا ، كاليفورنيا ، حيث ساعد في ريادة برنامج يستخدم التسلسل لتتبع كيفية انتقال العدوى في جميع أنحاء المستشفيات.

يقول إن تحويل التسلسلات إلى بيانات قابلة للاستخدام هو التحدي الأكبر لبرامج جينوم الصحة العامة.

“يمكن لمركز السيطرة على الأمراض أن يقول ،” اذهب وشراء مجموعة من معدات التسلسل ، وقم بمجموعة كاملة من التسلسل. ” لكنه لا يفعل أي شيء ما لم يعرف مستهلكو تلك البيانات كيفية استخدامها ويعرفون كيفية تطبيقها. “أتحدث إليكم عن الروبوتات التي نحتاجها لترتيب الأشياء كل يوم ، لكن الإدارات الصحية تحتاج فقط إلى طريقة بسيطة لمعرفة ما إذا كانت الحالات مرتبطة.”

عندما يتعلق الأمر بالمتغيرات ، فإن مختبرات الصحة العامة تخضع للعديد من نفس الضغوط التي يواجهها مركز السيطرة على الأمراض: يريد الجميع معرفة المتغيرات التي يتم تداولها ، سواء كان بإمكانهم فعل أي شيء باستخدام المعلومات أم لا.

أطلق Pandori برنامجه التسلسلي للفيروس على أمل تقليل العمالة اللازمة للتحقيق في تفشي الفيروس المحتمل ، وتحديد ما إذا كانت الحالات التي تم اكتشافها بالقرب من بعضها البعض مرتبطة أو مصادفة.

كان مختبره هو الأول في أمريكا الشمالية الذي يتعرف على مريض مصاب بفيروس كوفيد -19 ، ووجد لاحقًا البديل B.1.351 في رجل في المستشفى عاد لتوه من جنوب إفريقيا. من خلال تتبع المخالطين السريع ، تمكنت وزارة الصحة من منع انتشاره.

مقالات ذات صلة

اترك رد

زر الذهاب إلى الأعلى
%d مدونون معجبون بهذه: